相比于2012年度組織工作要求，2013年度重大儀器專項工作要求展現(xiàn)眾多亮點和變化：

　　1、明確支持企業(yè)為項目承擔主體，提高對企業(yè)方的要求。

　　2013年度工作要求明確“支持有條件的企業(yè)牽頭承擔”。但對于企業(yè)牽頭或企業(yè)承擔產(chǎn)業(yè)化工作的企業(yè)又有嚴格要求，如企業(yè)需在中國大陸境內(nèi)注冊、企業(yè)是高新技術企業(yè)或達同等條件、項目要與企業(yè)重點發(fā)展方向相符等。

　　此外，工作要求還指出“牽頭承擔項目的，企業(yè)投入的自籌研發(fā)經(jīng)費應不低于國撥經(jīng)費;非牽頭承擔項目，但承擔產(chǎn)業(yè)化工作的，企業(yè)投入的自籌研發(fā)經(jīng)費應不低于所獲得的國撥經(jīng)費。企業(yè)投入的自籌研發(fā)經(jīng)費應用于項目研發(fā)活動，而不得用于生產(chǎn)線、廠房等產(chǎn)業(yè)化能力建設。”

　　2、支持方向有了變化，并明確指出不予支持的儀器種類。

　　工作要求中明確指出重點關注“科學儀器設備關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、高端電子顯微鏡、近紅外分析儀器、電子測量儀器等重大科學儀器設備”，其中 科學儀器設備 關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、近紅外分析儀器是2013年度新增加的支持方向。此外，工作要求還指出“一般的儀器原理和方法研究，商業(yè)化前景不明確的儀器開發(fā)工作，不屬于儀器專項范疇”，具體到儀器種類，明確表明“臨床醫(yī)療儀器、生產(chǎn)設備、機械裝備以及平臺建設等，不屬于儀器專項的支持方向。”

　　3、首次實施財政資助節(jié)點，力求保證支持項目的成功。

　　4、新增4個項目組織部門(地區(qū))，并首次出現(xiàn)試點地區(qū)。

　　工作要求中新增中國航天科技集團公司、中國航天科工集團公司、中國船舶重工集團公司以及中國航空工業(yè)集團公司4個組織部門，并明確天津、浙江、四川、貴州以及陜西為5個試點地區(qū)。

　　工作要求中新增探索財政資助節(jié)點改革措施，明確規(guī)定“針對企業(yè)牽頭項目，先立項，項目前半段主要由承擔單位自籌經(jīng)費實施，專項經(jīng)費資助10%;經(jīng)中期評估確認，有繼續(xù)開發(fā)意義的，后半段再主要由專項經(jīng)費給予支持。”這點應該是重大儀器專項實施以來最大的變化，強調(diào)風險共擔。

　　5、明確項目涵蓋的內(nèi)容，以及參與單位的職責。

　　工作要求中明確每個項目應包括“儀器開發(fā)(含軟件開發(fā))、應用開發(fā)和工程化開發(fā)等類型工作，同時，還應提出項目產(chǎn)業(yè)化策劃方案”，并且要求“除儀器設備開發(fā)單位外，產(chǎn)業(yè)化單位、應用單位也應從項目設計開始，全程參與項目的組織和實施工作。”